Las corrientes subterráneas son abundantes, especialmente hacia el noroeste. Entre las fuentes termales más importante está "Los Baños de Coamo" en el municipio de Coamo. En el sudoeste, los mangles han creado un sistema canales únicos. Los ríos de Puerto Rico no son navegables excepto cerca de la costa, pero proporcionan corriente eléctrica e irrigación. Puerto Rico no tiene lagos naturales, aunque tiene 15 embalses, comúnmente llamados lagos, formados por el represamiento de los principales ríos para producir energía hidroeléctrica y agua para irrigación. La hidroelectricidad produce menos del 1% de la electricidad generada, pues la mayor parte de la energía eléctrica utiliza petróleo como su fuente de energía.

La isla tiene lagunas naturales tales como el Condado y San José en San Juan, Piñones y Torrecillas en Carolina, Joyuda en Cabo Rojo, y Laguna Tortuguero en el área de Manatí y Vega Baja.

Tiene su nacimiento en una región montañosa del Barrio Buenos Aires como a dos millas del pueblo de Lares, a una elevación aproximada de 1,600 pies (488 metros) sobre el nivel del mar. Tiene este río una longitud aproximada de 25.5 millas (41 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Océano Atlántico al noroeste de Puerto Rico, en el límite entre la ciudad de Aguadilla y el pueblo de Isabela. Tiene un área de captación de 71 millas cuadradas. El Río Guajataca forma el Lago Guajataca el cual queda entre los municipios de San Sebastián, Quebradillas e Isabela.

Río Camuy

Tiene su origen el Río Camuy en la Cordillera Central al noroeste de Puerto Rico. Fluye generalmente con dirección norte hacia el Océano Atlántico por una distancia de 30 kilómetros. Al este del pueblo de Lares entra en un cañón estrecho. El cañón termina en una forma abrupta en el sumidero "Blue Hole" donde el Río Camuy se va subterráneo. Es visto nuevamente al fondo del sumidero Espiral, como 200 metros al noroeste de este sumidero aparece de nuevo al fondo del sumidero de Tres Pueblos, fluyendo desde el noreste a través de el como por 100 metros y luego se va subterráneo. Aparece brevemente al fondo del sumidero del Empalme, yéndose subterráneo nuevamente para reaparecer un valle 800 metros al norte de este sumidero. Desde ese punto, fluye hacia el norte sobre la superficie hasta el Océano Atlántico. El Río Camuy tiene un área de captación de aproximadamente 62 millas cuadradas. Cruza por los municipios de Utuado, Lares, Hatillo y Camuy.

Río Grande de Loíza

Tiene su nacimiento en la Sierra de Cayey como a 3,500 pies (1,073 metros) sobre el nivel del mar. Tiene un área de captación aproximada de 308 millas. Cruza los municipios de San Lorenzo, Caguas, Gurabo, Trujillo Alto, Carolina, Canóvanas y el pueblo de Loíza Aldea. Tiene una longitud aproximada de 40 millas (64 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al Océano Atlántico al norte de Puerto Rico, en el pueblo de Loíza. El Río Grande de Loíza está represado formando el Lago Loíza el cual está localizado dentro de los límites de los municipios de Trujillo Alto, Caguas y Gurabo

Río Herrera

Nace el Río Herrera en el Barrio Ciénaga Alta de la municipalidad de Río Grande a una elevación de 1,558 pies (475 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 10 millas (16 kilómetros) desde que nace hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico entre el límite de los pueblos de Loíza y Río Grande. Corre generalmente de sur a norte.

Río Espíritu Santo

Tiene su nacimiento el Río Espíritu Santo en la Sierra de Luquillo, Barrio Jiménez de la municipalidad de Río Grande a una elevación aproximada de 2,427 pies (740 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 12 millas (19.2 kilómetros desde que nace hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico dentro de los límites del pueblo de Río Grande. Cruza por el municipio de Río Grande. Este río tiene un salto de una caída espectacular de gran belleza. El Río Espíritu Santo es un área rica en vida marina y de gran belleza natural, por lo exuberante en vegetación (manglares) de su desembocadura.

Río Mameyes

Tiene su nacimiento el Río Mameyes en la Reserva Forestal de Luquillo a una elevación de 2,390 pies (728 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 9.7 millas (15.5 kilómetros desde su nacimiento hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico. Cruza por los municipios de Río Grande y Luquillo.

Río Sábana

Nace este río en la Sierra de Luquillo, Reserva Forestal Federal en el Barrio Sabana del municipio de Luquillo a una elevación de 1,722 pies (525 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 7.7 millas (12.3 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico en el pueblo de Luquillo.

Río Fajardo

Nace el Río Fajardo al oeste del Barrio Río Abajo de la municipalidad de Ceiba a una elevación aproximada de 2,624 pies (800 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 14.9 millas (24 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en la Sonda de Vieques al este de Puerto Rico. Cruza por los municipios de Ceiba y Fajardo.

Río Grande de Arecibo

El Río Grande de Arecibo se origina en la unión del Río Vacas con el Río Cidra a dos kilómetros al noroeste del municipio de Adjuntas en el Barrio Juan González. Tiene el Río Grande de Arecibo una longitud como de 33 millas (52.88 kilómetros) desde su origen hasta que desemboca en la Bahía de Arecibo al norte de Puerto Rico. Este río cruza por los municipios de Adjuntas, Utuado y Arecibo. Tiene un área de captación de 789 millas cuadradas. El sistema del Río Grande de Arecibo forma el Lago Adjuntas y el Lago Dos Bocas.

Río Grande de Manatí

Tiene su nacimiento en el Barrio Barrancas del pueblo de Barranquitas a una elevación aproximada de 2,224 pies (678 metros) sobre el nivel del mar. Recorre los municipios de Barranquitas, Naranjito, Corozal, Morovis, Orocovis, Ciales, Barceloneta y Manatí. Tiene una longitud aproximada de 25 millas (40.2 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico. Tiene un área de captación de 224 millas. Su ancho es de 25 a 50 pies y su profundidad fluctúa entre 1 y 15 pies.

Río Cibuco

Tiene su origen el Río Cibuco al este del Barrio Cuchillas del municipio de Corozal. Tiene una longitud aproximada de 22 millas (35.13 kilómetros) desde que nace hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico. Cruza por los municipios de Corozal, Vega Alta y Vega Baja. Desemboca en Boca del Cibuco en el Océano Atlántico al norte de Puerto Rico. Tiene un área de captación de 100 millas cuadradas.

Río De La Plata

Es el río más largo de Puerto Rico, aunque no el más caudaloso. Tiene su nacimiento al suroeste del Cerro La Santa al este del Barrio Farallón del Municipio de Cayey a una altitud aproximada de 2,625 pies (800 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 60.5 millas (97 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Océano Atlántico al norte de la Isla en la jurisdicción de Dorado. Cruza por los municipios de Cayey, Comerío, Toa Alta, Toa Baja y Dorado. El Río de La Plata tiene un área de captación de 239 millas cuadradas. Forma dos lagos: el Lago Carite y el Lago La Plata.

Río de Bayamón

Nace este río al norte del Barrio Beatriz de la municipalidad de Cidra a una elevación de 1,476 pies (450 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 25 millas (40 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en la Bahía de San Juan al norte de Puerto Rico. Tiene un área de captación de 105 millas cuadradas. Cruza por los municipios de Cidra, Guaynabo, Toa Baja, Bayamón y Cataño. El Río Bayamón forma el Lago de Cidra y la Represa de San Juan.

Río Puerto Nuevo

Tiene su origen en el Barrio Caimito del municipio de San Juan a un elevación entre los 426 - 590 pies (130-180 metros) sobre el nivel del mar. Este es un río corto que sólo cruza por la jurisdicción de San Juan. Tiene una longitud aproximada de 9.9 millas (16 kilómetros desde que se origina hasta que desemboca en la Bahía de San Juan al norte de Puerto Rico. Corre generalmente de sur a norte.

Río Daguao

Nace este río en el Barrio Chupa Callos de la municipalidad de Ceiba a una elevación aproximada de 623 pies (190 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 6.5 millas (10.4 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Pasaje de Vieques al este de Puerto Rico en el límite de los pueblos de Ceiba y Naguabo.

Río Santiago

Nace este río al norte del Barrio Duque de la municipalidad de Naguabo a una elevación aproximada de 820 pies (250 metros) sobre el nivel del mar. Es un río corto de una longitud aproximada de 5.5 millas (8.8 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al éste de Puerto Rico en el municipio de Naguabo.

Río Blanco

Nace este río de la unión del Río Cubuy, Río Icacos y Río Prieto en la Reserva Forestal de Luquillo a una elevación aproximada de 558 pies (170 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 8.5 millas (13.6 kilómetros) desde su origen hasta que desemboca al este de Puerto Rico en el Barrio Río de la municipalidad de Naguabo. Corre de norte a sureste.

Río Antón Ruiz

Tiene su origen este río de la unión de la Quebrada Collores y la Quebrada Mambiche las que nacen a elevaciones de 492 (150 metros) y 574 (175 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 6.5 millas (10.4 kilómetros) desde que nace hasta que desemboca en el Mar Caribe en la costa este de Puerto Rico en el límite de los pueblos de Naguabo y Humacao.

Río Humacao

Nace este río al sureste del Barrio Montones de la municipalidad de Las Piedras a una elevación aproximada de 1,016 pies (310 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por los municipios de las Piedras y Humacao. Tiene una longitud aproximada de 16.8 millas (27 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al este de Puerto Rico. Corre generalmente de oeste a este.

Río Guayanes

Tiene su origen al oeste del Barrio Guayabota, cerca del Cerro del Cabro, como a 6 millas al oeste de Yabucoa a una elevación de aproximadamente 2,080 pies (634 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por el municipio de Yabucoa. Tiene una longitud aproximada de 17 millas (27.5 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al sureste de Puerto Rico.

Río Maunabo

Nace este río al noroeste del Barrio Matruyas Alto de la municipalidad de Maunabo a una elevación aproximada de 1,345 pies (410 metros) sobre el nivel del mar. Es un río corto que sólo cruza por el municipio de Maunabo, el cual tiene una longitud aproximada de 9.3 millas (14.8 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Mar Caribe al sureste de Puerto Rico. Tiene el río Maunabo un ancho aproximado de 20 pies y su profundidad es de 2 a 3 pies de hondo.

Río Jacaboa

Tiene su origen en la Sierra de Guardarraya al norte del Barrio Ríos de la municipalidad de Maunabo, a una elevación aproximada de 885 pies (270 metros) sobre el nivel del mar. Es un río corto que sólo cruza por el municipio de Maunabo. Tiene una longitud aproximada de 4.7 millas (7.5 kilómetros) desde su origen hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico en el Barrio Jacaboa de Maunabo.

Río Grande de Patillas

Tiene su nacimiento el Río Grande de Patillas al norte del Barrio Mulas en la Sierra de Cayey del municipio de Patillas a una altura de 2,263 pies (690 metros) sobre el nivel del mar. Este río corre hacia el sur por 9 millas hasta descargar en el Lago Patillas y luego 5 millas más hasta desembocar en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico. En el curso de este río está el Charco Azul, piscina natural de montaña con agua cristalina, de un tamaño de 50 x 25 pies aproximadamente. Forma el Lago Patillas el cual esta localizado dentro de los límites de los Barrios Jagual, Marín y Cacao Alto del municipio de Patillas.

Río Nigua

Nace este río al norte del Barrio Yaurel del municipio de Arroyo a una elevación de 1,640 pies (500 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 6.3 millas (10 kilómetros) y corre de norte a sur.

Río Guamaní

Tiene su origen este río de la unión de la Quebrada de los Barros, Quebrada de las Cuevas, Quebrada Culebra y Quebrada Trinidad. Es un río corto que corre de norte a sur por aproximadamente 7.4 millas (11.8 kilómetros ) desde su origen hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico.

Río Seco

Nace este río al norte del Barrio Pozo Hondo de la municipalidad de Guayama a una elevación de 984 pies (300 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 8 millas (12.8 kilómetros desde que nace hasta que desemboca en la Bahía de jobos al sur de Puerto Rico.

Río Salinas

Nace este río al norte del Barrio Lapa de la municipalidad de Salinas dentro de la Reservación Militar a una elevación de 984 pies (300 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 9 millas (14.4 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al suroeste del pueblo de Salinas en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico. Este río corre generalmente de norte a sur. Tiene un área de captación de 53 millas cuadradas.

Río Jueyes

Nace este río al noroeste del Barrio Río Jueyes del municipio de Salinas a una elevación de 984 pies (300 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 8 millas (12.8 kilómetros desde su origen hasta que desemboca en la Bahía de Rincón al sur de Puerto Rico. Corre generalmente de norte a sur.

Río Coamo

Nace el Río Coamo al oeste del Barrio Pulguillas de Coamo a una elevación de 2,396 pies (730 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud aproximada de 19 millas (30.4 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al suroeste del pueblo de Santa Isabel al sur de Puerto Rico. Tiene un área de captación de 78 millas cuadradas. Cruza por los municipios de Coamo y Santa Isabel. Forma el Lago Coamo el cual esta localizado en el Barrio Jauca II del municipio de Santa Isabel.

Río Descalabrado

Nace este río al sur del Barrio Pedro García de la municipalidad de Coamo a una elevación de 1,738 pies (529.7 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por los municipios de Coamo, Santa Isabel y Juana Díaz. Tiene una longitud aproximada de 15.2 millas (24.3 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Mar Caribe, al sur de Puerto Rico. Corre generalmente de norte a sur.

Río Cañas

Nace este río al este del Barrio Guayabal del municipio de Juana Díaz a una elevación de 1,246 pies (380 metros) sobre el nivel del mar. Cruza solamente por la municipalidad de Juana Díaz. Tiene una longitud aproximada de 7.4 millas (11.8 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico dentro de los límites del sector el Pastillo de Juana Díaz. Este río corre generalmente de norte a sur.

Río Jacaguas

Nace este río en el límite de los Barrios Vacas y Hato Puerco Arriba del municipio de Villalba a una elevación de 2,099 pies (640 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por los municipios de Villalba y Juana Díaz. Tiene una longitud aproximada de 22 millas (35.2 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico. Corre generalmente de norte a sur. Tiene un área de captación de 94 millas cuadradas. El Río Jacaguas forma el Lago Guayabal, el cual está localizado dentro de los límites del Barrio Villalba Abajo y Hato Puerco Abajo del municipio de Villalba y el Barrio Guayabal del municipio de Juana Díaz.

Río Inabon

Nace el Río Inabón en la Cordillera Central de Puerto Rico en el Barrio Anón del municipio de Ponce a una elevación de 4,100 pies (1,250 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por el municipio de Ponce y corre de norte a sur. Tiene una longitud aproximada de 18.5 millas (29.6 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico.

Río Bucana

Tiene su origen este río de la unión del Río Cerrillos, Quebrada Ausubo y Río Bayagán. Tiene una longitud aproximada de 6.3 millas (10 kilómetros) desde su origen hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico. El Río Bucaná está canalizado desde su entrada al pueblo de Ponce hasta el Barrio Bucaná donde se une al Canal del Río Portugués para desembocar ambos al Mar Caribe.

Río Portugués

Nace este río al oeste del Barrio Portugués de la municipalidad de Adjuntas a una elevación de 2,853 pies (870) metros) sobre el nivel del mar. Cruza solamente por la municipalidad de Ponce. Corre de norte a sur. Tiene una longitud aproximada de 17.7 millas (28.3 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Mar Caribe al sur de Puerto Rico. El Río Portugués está canalizado desde su entrada al pueblo de Ponce hasta el Barrio Bucaná donde se une en un solo canal al Río Bucaná hasta la desembocadura de ambos al Mar Caribe.

Río Matilde

Tiene su origen de la unión del Río Pastillo y Río Cañas dentro de los límites de la ciudad de Ponce. Es un río corto que corre de norte a sur hasta desembocar al sur de Puerto Rico dentro del límite del poblado de la Playa de Ponce.

Río Tallaboa

Nace este río al norte del Barrio Rucio de la municipalidad de Peñuelas a una elevación de 2,722 pies (830 metros) sobre el nivel del mar. Cruza solamente por el municipio de Peñuelas. Tiene una longitud aproximada de 13.2 millas (21.1 kilómetros) desde que nace hasta que desemboca en la Bahía Tallaboa en el Mar Caribe al Sur de Puerto Rico. Corre generalmente de norte a sur. Tiene un área de captación de 35 millas cuadradas.

Río Macaná

Nace este río en el noroeste del Barrio Macaná de la municipalidad de Peñuelas a una elevación de 2,394 pies (730 metros) sobre el nivel del mar. Este río corre de norte a sur siguiendo los límites de los municipios de Peñuelas y Guayanilla. Tiene una longitud aproximada de 7 millas (11.2 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en la Bahía de Guayanilla al sur de Puerto Rico.

Río Guayanilla

Nace este río al noroeste del Barrio Jagua Pasto de la municipalidad de Guayanilla a una elevación de 2,670 pies (814 metros) sobre el nivel del mar. Corre de norte a sur cruzando solamente por tierras del municipio de Guayanilla. Tiene una longitud aproximada de 15 millas (24 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en la Bahía de Guayanilla al sur de Puerto Rico.

Río Yauco

Tiene su nacimiento este río en la Cordillera Central al norte del Barrio Frailes de la municipalidad de Yauco a una elevación de 2,165 pies (660 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por los municipios de Yauco y Guayanilla. Tiene una longitud de 22.6 millas (36.1 kilómetros desde que nace hasta que desemboca en el Puerto de Guayanilla al sur de Puerto Rico. Tiene un área de captación de 48 millas cuadradas.

Río Loco

Nace el Río Loco al oeste del Barrio Frailes de la municipalidad de Yauco, a una elevación de 2,083 pies (635 metros) sobre el nivel del mar. Cruza por tierras del municipio de Yauco solamente. Tiene una longitud aproximada de 18.5 millas (29.6 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca al noroeste de la Bahía de Guánica al sur de Puerto Rico. El Río Loco forma la Presa Loco localizada en el Barrio Susúa Alta de la municipalidad de Yauco.

Río Guanajibo

Tiene su origen el Río Guanajibo en la Cordillera Central como a seis millas al noroeste del pueblo de Sabana Grande a una elevación aproximada de 2,897 pies (883 metros) sobre el nivel del mar. Fluye con dirección sur hacia el pueblo de Sabana Grande y luego generalmente hacia el oeste como por 24 millas hasta el Pasaje de Mona al oeste de Puerto Rico. Tiene una longitud aproximada de 24 millas (38.4 kilómetros). El área de captación del Río Guanajibo es como de 129 millas cuadradas. Cruza por los municipios de Sabana Grande, San Germán, Hormigueros, Cabo Rojo y Mayagüez.

Río Yagüez

Tiene su nacimiento el Río Yaguez en las montañas Urayoán al suroeste de Las Marías y noroeste de Maricao como a 1,200 pies (366 metros) sobre el nivel del mar. Tiene el Río Yaguez una longitud aproximada de 13 millas (20.8 kilómetros) desde su nacimiento hasta que desemboca en el Pasaje de Mona al oeste de Puerto Rico. Corre generalmente de este a oeste. En el curso del Río Yaguez está la Represa de Mayagüez la cual está localizada entre el límite del Barrio Bateyes y Limón del municipio de Mayagüez.

Río Grande de Añasco

Tiene su origen el Río Grande de Añasco de la unión del Río Blanco y el Río Prieto en el límite del Barrio Espino y Pesuela del municipio de Lares. Cruza este río por los municipios de Adjuntas, Lares, Las Marías, San Sebastián, Añasco, Mayagüez. Tiene una longitud aproximada de 40 millas (64 kilómetros) desde su origen hasta que desemboca en el Pasaje de Mona al oeste de Puerto Rico. Tiene de 20 a 60 pies de ancho y de 2 a 20 pies de profundidad.

Río Grande

Nace este río al oeste del Barrio Jaguey del municipio de Rincón a una elevación de 574 pies (175 metros) sobre el nivel del mar. Tiene una longitud de 5.5 millas (8.8 kilómetros) desde que nace hasta que desemboca al oeste de Puerto Rico en el Barrio Río Grande en el límite entre el municipio de Rincón y Aguada. Este río corre de sur a norte.

Río Guayabo

Tiene su origen este río de la unión del Río Culebra y el Río Ingenio en el Barrio Guayabo del municipio de Aguada. Es un río corto y desemboca en el Pasaje de Mona.

Río Culebrinas