Los primeros pobladores llegaron a Puerto Rico aproximadamente hace 4000 años. Los estudiosos se debaten sobre cual serían los lugares continentales de procedencia. Con respecto a la isla de Puerto Rico, una de las teorías más aceptadas es la que sostiene que llegaron procedentes de las emigraciones de amerindios, desde las costas de Venezuela, a través del arco formado por las pequeñas Antillas.

Estos primeros pobladores pertenecen al denominado complejo cultural arcaico. Sus asentamientos, a juzgar por los restos encontrados, se encontraban próximos a las playas y manglares. Las ocupaciones habituales eran la caza, la pesca y la recolección de frutos silvestres, semillas y raíces. Desconocían el arte de la cerámica y no practicaban la agricultura. Los asentamientos estudiados correspondían aproximadamente a un grupo de unas 25 personas cada uno, y los útiles que utilizaban eran muy rústicos: cuchillos de piedra, guijarros del río y gubias, hechas de caracol, para tallar la madera.

Antepasados sudamericanos

Hallazgos descubiertos en el barrio La Hueca en Vieques demostraron que una cultura se estableció allí en el siglo V antes de Cristo procedente de los Andes, en América del Sur. En este yacimiento se encontraron figuras de animales, como aves, ranas, murciélagos y lagartos, elaboradas en concha, hueso y piedras semipreciosas como la jadeíta.

Entre éstas, se destaca una representación del cóndor de los Andes elaborada en jadeíta. La pieza muestra a esta gran ave sudamericana sosteniendo una cabeza humana en sus garras. Según los arqueólogos, ésta está asociada a la mitología indígena de la región de Bolivia ofreciendo datos sobre la procedencia de estos indios y sus creencias religiosas.

La necesidad: madre del conocimiento

Además de ser cazadores y recolectores, los primeros habitantes de la Isla fueron también productores de alimentos. La verdadera fortaleza de estos pueblos nómadas, sin embargo, fue el profundo conocimiento que poseían de las especies animales y vegetales de la Isla. Sólo así pudieron sustraer el alimento necesario para sobrevivir.

Para obtener este conocimiento, los indios arcaicos exploraron el paisaje puertorriqueño y aprendieron a distinguir entre lo que podía ser nutritivo, dañino, curativo, venenoso, escaso, disponible o cultivable, entre otros. Por medio de la experimentación, los pueblos arcaicos descifraron los secretos de la naturaleza. De este modo, explotaron aquellos recursos que les permitieron desarrollarse y multiplicarse en su nuevo hogar.

Este conocimiento, sin embargo, se fue olvidando a lo largo de los siglos, a medida que los grupos indígenas aprendieron a depender de sólo un puñado de productos cultivados.

Las plantas cuentan la historia

Aunque los libros de historia describan a los indios arcaicos como un pueblo primitivo que no conocía la agricultura, nueva evidencia científica sugiere una versión muy diferente. El Dr. Jaime R. Pagán, junto con otros antropólogos e investigadores, lograron extraer gránulos de almidón que se impregnaron en las herramientas de piedra hace miles de años, cuando los indígenas machacaron plantas para preparar sus alimentos. Los gránulos de almidón, que se encuentran en las raíces, los troncos y las semillas de ciertas plantas, fueron preservados al quedar atrapados en las grietas y los poros de las herramientas.

Estos residuos han permitido identificar las variedades de plantas que fueron utilizadas por los arcaicos, demostrando también que sí conocían técnicas agrícolas. Los restos botánicos son de plantas introducidas hace miles de años, como el maíz, el corozo y el marunguey.

El hombre de Puerto Ferro

En el barrio Puerto Ferro de Vieques, los arqueólogos Luis A. Chanlatte e Ivonne Narganes, del Centro de Investigaciones Arqueológicas de la Universidad de Puerto Rico, encontraron los restos óseos de mayor antigüedad en Puerto Rico y las Antillas. Se trata de un indio arcaico que vivió en esa isla hace unos 4,000 años. El “hombre de Puerto Ferro” perteneció a una de las primeras sociedades que habitó nuestro territorio.

Según los estudios forenses, su quijada muestra un daño severo que no sanó, por lo que se presume que murió a causa de un fuerte golpe. Los miembros de su pueblo estaban agrupados en clanes familiares que probablemente no fueron totalmente nómadas, sino que establecieron asentamientos más o menos fijos.

Desde el 200 a.C. y hasta alrededor del 600 d.C., los habitantes de Puerto Rico desarrollaron el arte de la alfarería y practicaron la agricultura. Los arqueólogos consideran que estos rasgos son fruto de una segunda ola de inmigración amerindia procedente de la costa norte de Sudamérica (zona baja del valle de Orinoco y de los Guayanas). Estos nuevos invasores, agricultores y ceramistas, pertenecían a la familia arauaca de la región del Orinoco. Los arauaco fueron muy bien descritos por Sir Walter Raleigh y poseían una cultura más compleja que los arcaicos.

Los indios del complejo cultural arauco son clasificados por los estudiosos en varias fases: la más antigua es la llamada saladoide (procede del yacimiento arqueológico de Salado, en las costas de Venezuela) o ignerí (nombre que probablemente derive de su conocimiento del fuego). En lo que respecta a Puerto Rico, sobresale el yacimiento de Hacienda Grande, en Loiza, donde se han encontrado restos de vasijas para granos, ollas incisas con líneas entrecruzadas, envases para ingerir bebidas y piedras semipreciosas para el adorno personal (ágata, amatista, cornalina). Los saladoides son considerados como unos de los mejores ceramistas de las Antillas (en su técnica de cerámica practicaban las incisiones en el barro y coloreaban vasijas en blanco sobre rojo). El estudio de los yacimientos de Tecla, en Guayanillas, y la Hueca y Sorcé, en Vieques, han venido a aportar nuevos datos al esquema explicativo de las culturas amerindias de Puerto Rico. Hacia el 600 d.C. sufrieron una transformación: su cerámica cambió de formas y dejó de estar pintada. Los ostionoides, nuevo nombre con el que se designa a los habitantes de las Antillas, fueron estudiados en el yacimiento de Punta Ostiones, en Cabo Rojo (Puerto Rico). En esa época aparecen por primera vez los bateyes y las plazas para el juego de pelota, y se introduce el maíz.

De las fases de la ocupación humana de Puerto Rico, antes de la llegada de Colón, la que mejor se conoce es la última, denominada taína. Los taínos pertenecen a la cultura arauaca, que emigró de Sudamérica hace unos 3.000 años siguiendo la ruta de las Antillas menores. La tesis de la emigración de Sudamérica se sostiene, entre otras muchas cosas, por los hallazgos de petroglifos representando monos, animal que nunca vivió en Puerto Rico. Los taínos (palabra que en lengua arauaca hace referencia a los "buenos", "los selectos", "los nobles") se expandieron por todo el arco antillano desde las riberas del Orinoco, pasando después por Puerto Rico, la Española y, finalmente, Cuba. Hacia finales del siglo XV la cultura taína primaba en las Antillas Mayores. Su idioma, que se habla aún en el norte de Brasil, es genéricamente aruaco y ha aportado gran número de palabras al español (´huracán´, ´tabaco´, ´maíz´, ´cacique´, ´hamaca´, etc.). 

Los taínos eran agricultores, pescadores, buenos ceramistas y audaces navegantes, y vivían en poblados cerca de los ríos y las costas, a los que llamaban yucayeques. En tiempos del Descubrimiento había 18 yucayeques, cada una bajo la autoridad de un cacique, que en total eran 18 y un cacique general (bohíque) para todas las islas que hacia las funciones de sacerdote y médico. La sociedad taína de Puerto Rico era llamada por los naturales Borinquén, y su población aproximada oscilaba entre los 30.000 y 40.000 habitantes. Los taínos cultivaban maíz, tabaco, algodón, palos de achiote, yautía y matas de ají. Probablemente, los hombres se dedicaban a la caza y la pesca y las mujeres a la arquitectura y la hilatura del algodón. Andaban desnudos y se embadurnaban la piel con aceites naturales para protegerse de las picaduras de los insectos. Los personajes de mayor jerarquía utilizaban adornos de oro.

Su organización sociopolítica estaba constituida, en primer lugar, por el cacique y los nitaynos (ancianos y guerreros); en segundo lugar, por los bohíques (sacerdotes), y en tercer lugar por los naborías (trabajadores carentes de derechos), que estaban sujetos a obligaciones de servicio y llevaban a cabo las tareas más pesadas. Bajo el dominio de los españoles, los servicios de los naborías eran transferidos a los encomenderos. Los taínos eran exógamos, ya que se casaban con personas que no fueran sus parientes, y celebraran areitos o bailes de carácter ritual en los que dramatizaban su mitología y tradición oral. Adoraban dioses representados en cemies de piedra en forma de trigonolitos. Su Dios principal era Yukiyú o Yocahú, que significa "Espíritu de la Yuca". Una de las deidades furiosas y dañinas era Juracán, vocablo de que derivó la palabra castellana ´huracán´ para denominar las tormentas destructivas del Caribe. Sobre los juegos de la bola o del batey, Fray Bartolomé de las Casas dice: "Poníanse veinte o treinta de cada parte... echaba uno de las de un puesto la pelota a los de otro y rebatíala el que hallaba más a mano". "La pelota llamaban en su lengua batey, la letra e lengua, y al juego también al mismo lugar, batey nombraban" (extraído del libro de Fray Bartolomé Apologética Historia de los Indios).

Los bohiques o sacerdotes dirigían el ritual religioso e intervenían en la curación de enfermos y en la educación de las nuevas generaciones. Siglos antes de la llegada de los españoles a la isla, indios caribe, que ocupaban el archipiélago de las Antillas Menores, comenzaron a atacar la población taína de Puerto Rico.