En 2002, El Gran
Combo celebró su aniversario número 40 con dos conciertos
vendidos a capacidad en el Coliseo Rubén Rodríguez en
Bayamón, Puerto Rico. Esta celebración generó un álbum
renombrado que fue reconocido como uno de los mejores de ese
año. Un año después recibieron una nominación al Grammy por
Mejor Álbum Tropical.
Desde el 2006 la orquesta ha lanzado sobre 40 álbumes o CD y
ha recibido numerosos premios, incluyendo discos de oro, un
"Calendario de Plata" en México, un "Combo Dorado" en
Colombia, un "Premio Paoli" en su patria, Puerto Rico y una
distinción honorable en España y muchos otros. En ese año
lanzaron la producción discográfica titulada Arroz con
Habichuela, del cual salieron varios éxitos como "No Hay
Manera", "Como Tiembla El Alma", "Piénsalo" y "Arroz Con
Habichuela".
En el 2010 lanzaron su más reciente producción discográfica
titulada Si No Hay Salsa No Hay Paraíso, del cual salió el
éxito "Sin Salsa No Hay Paraíso", entre otros.
En agosto del 2011 El Gran Combo re-escribió la letra de su
propio éxito "No Hago Más Ná" que cantaba en sátira acerca
de un día en la vida de un vago. La versión nueva la
llamaron "Echar Pa'lante" y cantaba sobre un día en la vida
de un trabajador y las virtudes del trabajo. Además lanzaron
un video con un mensaje positivo antes de comenzar la
canción y enseñaron tomas de gente trabajando en comparación
con miembros del Gran Combo tocando diferentes instrumentos.
El Gran Combo celebró sus 50 años el 11 de noviembre de
2012.
El 9 de agosto de 2013 el saxofonista y miembro fundador del
grupo Eddie "La Bala" Perez fallece luego de sufrir
amputacion de sus piernas y serias complicaciones de salud.
Es sustituido por Virgil Rivera.
El 12 de diciembre de 2014 su cantante principal Charlie
Aponte anuncia su retiro por razones personales después de
cantar con la Orquesta desde 1973. Su ultima presentación
fue el 30 de diciembre de 2014 en Cali Colombia.
El 24 de enero de 2015 Anthony Garcia es seleccionado para sustituir a Charlie Aponte.